中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码   总被引：1，自引：0，他引：1  

张晓洁  孔令锋  李琪 《海洋与湖沼》2018,49(3):614-623

DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。  相似文献   

虾夷扇贝TET基因在配子发生和早期发育中的表达模式     

李仰平  张玲玲  李若佼  刘甜  郭振义  李婉茹  包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,50(4):54-62

DNA甲基化参与调节动物配子发生和胚胎发育过程,TET基因负责DNA主动去甲基化,在基因印迹去除和细胞全能性获得中起重要作用。为了解海洋贝类配子发生和胚胎发育过程中DNA去甲基化如何发生,本研究以虾夷扇贝为研究对象,鉴定了其TET基因,并分析了该基因在性腺和胚胎幼虫发育中的表达变化。结果表明,虾夷扇贝基因组中含有1个TET基因(PyTET),该基因长39127 bp,包含10个外显子,编码1592个氨基酸,其蛋白具有完整的2OGFeDO超家族的加氧酶结构域。在性腺发育过程中,PyTET基因表达峰值出现在休止期精巢和增殖期卵巢,原位杂交结果显示其在精原细胞、精母细胞中均有表达,在卵母细胞中的表达明显高于卵原细胞;在早期发育过程中,其峰值出现在囊胚期。以上结果提示虾夷扇贝配子发生和胚胎发育过程中均发生了DNA主动去甲基化,这将有助于系统了解表观调控在贝类发育中的作用。  相似文献   

改进的多道预测算子压制浅水多次波方法          下载免费PDF全文

周小鹏  刘伊克  李鹏 《地球物理学报》2019,62(2):667-679

在浅水情况下，由于观测数据中缺少近偏移距信息，水层多次波的压制面临挑战.利用多道预测算子压制水层多次波是浅水环境下压制多次波的重要方法之一，这种方法先从输入数据中估计出多道预测算子，再将预测算子和输入数据做褶积预测出水层相关多次波.然而，估计的多道预测算子很容易受噪声污染，从而影响多次波模型的精度.所以，我们提出了改进的多道预测算子压制浅水多次波方法.该方法先从数据中估计出多道预测算子，并利用估计的算子构建出精确的水层模型；然后，通过计算算子的走时信息、估计振幅信息、合成新算子三个步骤来修正原始的多道预测算子.修正的算子不仅不受噪声影响，还含有精确的走时信息、可靠的振幅信息；最后，该方法用修正的算子来预测多次波，并结合自适应相减，将预测的多次波从输入数据中去除.通过合成数据和实际资料的验证表明，相比于原始的多道预测算子压制多次波方法，改进的方法能够取得更好的压制效果.  相似文献   

多氯联苯(Aroclor 1242)胁迫下鲤鱼肝脏组织氧化应激   总被引：1，自引：0，他引：1  

王仁君  王建国  丁宁  孙萌  高配科 《海洋与湖沼》2018,49(6):1286-1293

本文在实验室条件下通过静态水质染毒方式在生理生化和转录水平上探究了我国重要经济鱼种鲤鱼(Cyprinus carpioio)对多氯联苯Aroclor 1242的氧化应激:鲤鱼肝脏组织抗氧化酶[超氧化物歧化酶(SuperoxideDismutase,SOD)和过氧化氢酶(Catalase,CAT)]活性、脂质过氧化产物丙二醛(Malonydialdehyde,MDA)含量、相关抗氧化酶编码基因(Cu/Zn-SOD、Mn-SOD、CAT)、应激蛋白HSP70、转录因子Nrf2和芳烃受体AhR2基因表达。结果表明:Aroclor 1242胁迫下,鲤鱼肝脏组织抗氧化酶活性表现出低浓度促进高浓度抑制的趋势;肝脏组织丙二醛含量显著升高,其中390μg/L暴露组鲤鱼肝脏组织MDA含量在第6d高于对照组92.1%(P0.01),表明肝脏组织发生脂质过氧化,膜系统受到损伤;鲤鱼肝脏组织中Cu/Zn-SOD、Mn-SOD、CAT、HSP70、Nrf2和AhR2编码基因表达出现不同程度下调。本文从酶学和基因转录水平上揭示了Aroclor1242胁迫下鲤鱼肝脏组织细胞的氧化应激。  相似文献   

苯并[a]芘(BaP)对褐菖鲉(Sebasticus marmoratus)肝CYP1A1酶活性、基因表达及蛋白表达的影响     

孙文静  王晓艳  祁鹏志  张建设  吴常文 《海洋与湖沼》2018,49(4):897-903

为了了解苯并[a]芘(BaP)对鱼类细胞色素P4501A1(CYP1A1)表达的影响,以褐菖鲉(Sebasticus marmoratus)为实验材料,采用体内实验,研究其在经过不同浓度(0.1、1、10、20、50mg/kg鱼体重量)的BaP诱导后,鱼体肝脏研究CYP1A1基因表达的情况,筛选出后续时间-效应实验中BaP注射的最佳浓度,研究BaP诱导6h、12h、1d、3d、7d后(质量浓度为20mg/kg鱼体重量)鱼体肝脏CYP1A1酶活性、基因表达和蛋白表达的情况。结果表明:剂量-效应实验中,20mg/kg鱼体重量为最佳浓度,此浓度下,基因表达在各组中变化最显著。时间-效应实验中,较空白对照组而言,染毒6h、12h和1d后,EROD酶活性显著增加。3d后开始下降,与对照组相比变化不大,7d后酶活性又发生上调。半定量RT-PCR结果表明,各染毒组与对照组相比,CYP1A1基因表达量都发生了上调,呈现先上升后下降的趋势。其中,6h和12h组相对表达量极显著增加,1d后开始下降且与3d和7d组相比变化不明显。Western blot结果表明,蛋白表达量在染毒12h后表现出显著的诱导效应,随着时间的延长略有回落,但与对照组相比仍有显著性差异。研究表明:BaP对褐菖鲉CYP1A1具有较强的诱导作用。一定质量浓度的BaP注射于褐菖鲉不同的时间后,能诱导褐菖鲉活体EROD酶活性、CYP1A1基因m RNA表达及蛋白表达,并随着时间的延长呈现先诱导后抑制的趋势。这说明BaP作为诱导剂对CYP1A1酶活性和蛋白表达的作用机制可能与调控CYP1A1的转录水平有关。  相似文献   

利用扩增vvhA基因的环介导等温扩增技术快速，特异而敏感地检测创伤弧菌     

张丽娜  王明义  丛殿霞  丁淑研  丛日楠  岳进勇  耿建利  胡成进 《海洋学报(英文版)》2018,37(4):83-88

创伤弧菌是一种可感染人类的河口病原菌。建立快速，特异而敏感的检测方法，有助于创伤弧菌感染的早期疾病诊断和及时治疗。本研究设计了针对vvhA基因的一系列引物（包括两对外部引物和两对内部引物），采用环介导等温扩增技术（LAMP）来检测创伤弧菌。结果显示，本方法的最适扩增温度是63℃，反应仅需35分钟。扩增产物不仅可以用含有DNA ladder的琼脂糖凝胶电泳检出，也可借助钙黄绿素直接肉眼观察。采用45株菌株检测该方法的特异性，其中所有创伤弧菌均被检出而其他菌株检测结果皆为阴性。本方法的敏感性是普通PCR扩增的100倍，同时利用该方法可以准确检测出所有的模拟样品、临床标本及环境样品。与其他已知方法比较，针对vvhA基因的介导等温扩增技术可以快速、简单、敏感及特异地鉴定创伤弧菌。  相似文献   

栉孔扇贝精巢组织细胞的体外培养及特征分析     

房莎  刘丹雯  李茜茜  秦贞奎  张志峰 《海洋通报》2018,(4):424-429

本研究建立了一个栉孔扇贝精巢组织细胞的原代培养体系,鉴定了原代细胞的功能基因表达特征。结果显示,原代培养体系中的精巢细胞以圆形细胞为主,直径为4~11μm,其在体外已存活9个月以上。使用栉孔扇贝vasa基因(生殖细胞标记基因)的地高辛RNA探针和原位杂交技术检测,约98%的原代细胞呈阳性。利用免疫组化技术鉴定了栉孔扇贝SCP3、KLF4、PIWI、C-MYC、SOX9和SOX17在这些细胞中的表达特征,发现这些靶蛋白在精巢原代细胞中的表达特征与栉孔扇贝精巢中的细胞定位基本一致。上述结果表明,本实验所获得的原代细胞以生殖细胞为主,它们保留了栉孔扇贝雄性生殖细胞原有的基因表达特征,可以用于贝类精子发生和性别相关的功能基因研究。  相似文献   

Modelling the Shimokita deep coalbed biosphere over deep geological time: Starvation,stimulation, material balance and population models     

Stephen A. Bowden  Abdalla Y. Mohamed  Ayad N. F. Edilbi  Yu-Shih Lin  Yuki Morono  Kai-Uwe Hinrichs  Fumio Inagaki 《Basin Research》2020,32(5):804-829

Basin models can simulate geological, geochemical and geophysical processes and potentially also the deep biosphere, starting from a burial curve, assuming a thermal history and utilizing other experimentally obtained data. Here, we apply basin modelling techniques to model cell abundances within the deep coalbed biosphere off Shimokita Peninsula, Japan, drilled during Integrated Ocean Drilling Program Expedition 337. Two approaches were used to simulate the deep coalbed biosphere: (a) In the first approach, the deep biosphere was modelled using a material balance approach that treats the deep biosphere as a carbon reservoir, in which fluxes are governed by temperature-controlled metabolic processes that retain carbon via cell-growth and cell-repair and pass it back via cell-damaging reactions. (b) In the second approach, the deep biosphere was modelled as a microbial community with a temperature-controlled growth ratio and carrying capacity (a limit on the size of the deep biosphere) modulated by diagenetic-processes. In all cases, the biosphere in the coalbeds and adjacent habitat are best modelled as a carbon-limited community undergoing starvation because labile sedimentary organic matter is no longer present and petroleum generation is yet to occur. This state of starvation was represented by the conversion of organic carbon to authigenic carbonate and the formation of kerogen. The potential for the biosphere to be stimulated by the generation of carbon-dioxide from the coal during its transition from brown to sub-bituminous coal was evaluated and a net thickness of 20 m of lignite was found sufficient to support an order of magnitude greater number of cells within a low-total organic carbon (TOC) horizon. By comparison, the stimulation of microbial populations in a coalbed or high-TOC horizon would be harder to detect because the increase in population size would be proportionally very small.  相似文献   

黄条(鰤)(Seriola aureovittata)MyHC基因克隆及其在早期发育阶段表达研究     

史宝  孙冉冉  柳学周  徐永江  姜燕  王滨  张正荣 《海洋与湖沼》2020,51(2):422-432

为解析肌球蛋白重链(MyHC)基因在黄条鰤(Seriola aureovittata)生长发育过程中作用机制,本研究采用RACE技术,克隆了黄条鰤MyHC基因全长cDNA序列,采用荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对MyHC在黄条鰤不同组织、胚胎发育过程以及仔稚幼鱼发育过程中的表达特征进行了研究。结果表明:黄条鰤MyHC基因全长为6143bp,开放阅读框为5811bp,编码了1936个氨基酸,由3个保守结构域组成即MYSc-classⅡ、Myosin taill和SH3;系统进化树分析显示黄条鰤MyHC与高体鰤进化关系最近。qRT-PCR分析发现黄条鰤MyHC在各组织中均有表达,但在肌肉中表达量最高(P0.05);随着黄条鰤胚胎发育的进行,MyHC在16细胞期之前表达量较高,在胚体下包2/3时期表达量显著升高,且在孵化期达到峰值(P0.05:);在仔稚幼鱼发育阶段,MyHC在孵化后20d后表达量显著升高,30d表达水平达到峰值(P0.05),随后的35d到40d表达水平略有下降但仍保持较高表达趋势,黄条鰤MyHC表达具有发育阶段表达的特异性。MyHC表达特征揭示其参与了调控黄条鰤的早期生长发育。  相似文献   

hedgehog基因在笠贝(Lottia goshimai)早期发育中的表达模式研究     

杨伟红  郇聘  刘保忠 《海洋与湖沼》2020,51(4):960-965

Hedgehog信号通路参与动物神经系统发育、分节等诸多发育过程,研究该信号通路对理解动物的发育与演化机制有重要意义。对软体动物而言,目前Hedgehog信号通路的研究较少。本文克隆了腹足纲软体动物笠贝的hedgehog基因,利用整装原位杂交技术研究了其在胚胎发育过程中的时空表达规律;并与重要发育基因brachyury及soxb的表达模式进行了比较。结果表明,笠贝hedgehog基因与神经外胚层及中/内胚层相关,可能调控了幼虫神经、肌肉及消化道的分化。通过比较原肠胚及担轮幼虫不同阶段的基因表达模式,研究了hedgehog基因相关的组织和细胞随个体发育进程的动态变化。这些结果为理解软体动物形态发生和重要器官的分化机制提供了基础。  相似文献